Sử dụng vi sinh vật hữu ích để cải thiện chất lượng nước và ức chế sự phát triển của vi khuẩn gây bệnh là chủ đề nóng trong nuôi tôm hiện nay. Đây được xem là một trong những giải pháp hữu hiệu và là xu hướng tất yếu của nghề nuôi tôm với mục tiêu hạn chế sử dụng thuốc, hóa chất trong quá trình nuôi. Do đó, việc nghiên cứu phân lập và tuyển chọn những dòng lợi khuẩn bản địa trong ao nuôi tôm tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long có khả năng phân hủy vật chất hữu cơ và kháng khuẩn cao là rất cần thiết. Trong khuôn khổ dự án Dự án Nâng cấp Trường Đại học Cần Thơ (VN14-P6) bằng vốn vay ODA từ chính phủ Nhật Bản (2018-2021), các nhà khoa học Khoa Thủy Sản-Trường Đại học Cần Thơ đã phân lập được một số chủng lợi khuẩn Bacillus từ bùn đáy ao nuôi tôm quảng canh ở các tỉnh Trà Vinh, Bac Liêu và Cà Mau có khả năng phân hủy vật chất hữu cơ và ức chế vi khuẩn Vibrio parahaemolyticus gây bệnh trên tôm. Mười ba chủng có khả năng kháng V. parahaemolyticus, trong đó có một số chủng có hoạt tính enzyme α-amylase, protease, cellulose cao có thể sử dụng để phát triển chế phẩm vi sinh phục vụ nuôi tôm. Kết quả thử nghiệm trong mô hình tôm sú và tôm thẻ chân trắng siêu thâm canh đã thu được kết quả khả quan.
